Cette longue croisade se poursuivie où plusieurs villes du Languedoc et de l’Aquitaine furent assaillies par le royaume de France car le roi veut dominer cette région. Malgré toutes ces attaques, le peuple gardait une profonde fidélité à leur croyance et préférait mourir plutôt que de renier leur foi. Ces attaques aboutirent à une sauvage répression des cathares. Grégoire IX, pape de 1227 à 1241 créa l’Inquisition, ce tribunal chargé d’enquêter et d’éliminer l’hérésie. (1231). Ces nouveaux juges de tribunal aux pouvoirs sans limite mirent tout en œuvre pour débusquer les hérétiques. Ces inquisiteurs s’installaient dans une ville et attendaient que les coupables soient dénoncés ou qu’ils se dénoncent eux-mêmes. Les sanctions, après jugement, pouvaient être la prison à vie, un pèlerinage, une amende, le port de la croix…La paix définitive fut signée en 1243 entre le roi de France et le comte de Toulouse, suite à la prise du château de Montségur, (forteresse imprenable) qui dura une année. Les derniers cathares qui ne savaient plus où se réfugier et qui étaient pourchassés par l’inquisition, émigrèrent dans des pays voisins.
