L'épopée est composée de douze chants. Son organisation a été analysée de plusieurs manières. On peut diviser l’Énéide en deux parties de six chants chacune :
Dans la première partie, Virgile raconte les voyages d'Énée après la chute de Troie, jusqu’à son arrivée dans le Latium en Hespérie selon le destin des vœux des dieux pour fonder la nouvelle Troie. Il raconte sa fuite de Troie en flammes, son départ vers l'Afrique et la Sicile, les tempêtes et épreuves durant son voyage, sa rencontre avec une femme, Didon, qui l'empêche de réaliser son devoir, sa descente aux Enfers pour rencontrer son père Anchise ; tous ces éléments rappellent l’Odyssée ;
Dans la seconde partie (chants VII à XII), Virgile relate les conflits que durent livrer Énée et ses compagnons pour conquérir le Latium jusqu’à la création du royaume de Lavinium. On a rapproché cette partie de l’Iliade.
En dehors de cette division en deux parties, certains ont distingué trois groupes de quatre livres, les quatre premiers étant consacrés à Didon et l'épisode à Carthage, les quatre derniers aux épisodes guerriers dans le Latium. Pour d'autres, comme J. Thomas, les douze chants reprennent les signes astrologiques, le dernier chant, le plus important, correspondant à la Balance, signe d'Auguste.
