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Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes — bactéries, microchampignons, protistes — vivant dans un environnement spécifique chez un hôte ou une matière. Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte ou entrer en interaction étroite avec lui .
Nous hébergeons des microorganismes au niveau de la peau (microbiote cutané), dans la bouche (microbiote bucco-dentaire), dans les organes génitaux (microbiote vaginal) et dans l'intestin (microbiote intestinal).