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En revenant à l'étymologie, nous pouvons émettre une hypotèse : "a-" privatif et "tomos" venant de "tomein" qui signifie la section, le sécable.
En d'autres termes, "atomos" qualifie celui qui n'est pas sécable, qui est irréductible et donc essentiel. Le premier de la matière en quelque sorte.